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药价虚高源于药品流通秩序欠规范。医药流通企业内部的散、小、多、乱等问题，药品招投标、药品配送、医院内部药品流通程序需要进一步规范。备受诟病的大流通环境即药品招投标制度、医院内部药品流通程序在近几年并没有太大改变。中共十八届三中全会提出取消以药补医，理顺医药价格，规范药品价格需要改革药品的生产流通环节。
图4-6 药品价格在产业链上各环节的分布
资料来源：2006～2007年中国医药产业地图.
从图4-6可以看出，药品从生产商到患者手中，经过了多层环节并产生额外费用，这些费用最终由患者承担。药品从出厂配送到零售店要层层加价，药品集中招标采购方式存在制度漏洞，由于监管不到位以及医院逐利性，部分公立医院设定固定利润率，部分药品在成本价格核定时虚高，自主定价药品存在垄断倾向，国家物价政策难以贯彻执行。由于有关部门监管漏洞、市场信息不对称和部分制药厂商逐利导致假冒伪劣药品充斥着医疗服务市场。
药品在生产和流通时被垄断，药品在生产后也被垄断。中国大多数药厂都生产普通药，这些普通药品没有什么技术和专利优势，只能拿出去承包给中间商来销售。尽管国家对药品生产的资质要求严格，但是中国药厂多且主要是中小药厂，这种重复建设使得市场竞争无序，药品销售费用上涨而出厂价极低。一般药厂生产的药品出厂价大概是国家定价的三成。药品被两端垄断后价格上升是必然的，医药的流通环节太多，每个环节都会产生一些费用，最终附加到药品上。